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南科繼光電產業聚落成型之後，綠能產業已成為全台最具規模的產業聚落，尤其是南科大順九路僅有的「兩家」廠商，晶電與茂迪已各自成為台灣最大的LED與太陽能電池廠，並促使南科管理局更積極推動綠能產業發展。

台灣結晶矽太陽能電池2007年產量為368MW，占全球10%，其中南科為153MW，占全台灣產能41%。目前進駐南科的LED廠包括晶電、新世紀、光鋐、晶發等四家廠商，其產品均為涵蓋上游之磊晶及中游之晶粒。

其中的晶電公司，於2005年合併國聯光電、2007年合併元坤後，一舉拿下全球四元LED寶座，藍光產品於產能擴充後，預計將超越美商Cree及日本豐田合成，僅次於日亞化，成為全球第二大藍光LED廠，其中南科廠的規模，已超過晶電全產能的一半以上。

南科管理局長陳俊偉指出，南科在招商引資的過程中，並不是以營業額貢獻為主要考量，也希望引進不同產業的廠商，投入各種新興的技術研發。

例如十年前茂迪進駐南科時，沒有人能夠預期會有後來的規模；而當年的元砷與聯銓，也因為併購成為晶電，如今晶電與茂迪的兩大廠區，不僅形成國內LED與太陽能電池的重鎮，也印證科學園區引進新興產業的必要性。

南科管理局指出，南科已引進太陽能、LED及燃料電池等廠商共19家，投資金額405.6億元，其中已量產的有12家，建廠中一家。

南科運用現有資源，在高雄園區設置綠能產業專區，面積26.43公頃，以發展太陽能電池、燃料電池、再生能源轉換設備、LED照明、太陽能系統及其他綠能產業。

茂迪認為，再生能源發展條例通過後，政府應該積極建立國家驗證機制，確保國內太陽光電系統的發電效應，並與國際技術標準接軌，台灣的光電產業群聚效應，將可為進軍國際太陽光電系統市場加分。

為配合南科綠能產業發展，核研所進駐高雄園區設置「高聚光太陽光發電高科驗證與發展中心」，計劃透過相關技轉與合作計畫，以吸引廠商投資，並建立符合國際規範的高聚光太陽光發電模組驗證制度。